总体上，免耕生产系统中病害并不比常规耕作管理下严重。可能会有一些地上部分的病害（如镰刀菌霉病）影响收获物的质和量（右图）。根病可能更为严重、常见。免耕土壤易发生那些喜欢栖息在冷凉、潮湿和久不搅动条件下的病害。

    免耕下喜欢冷凉潮湿的植物疾病多发生在贫瘠且排水不良的粘土地上。

    随着免耕时间的延续，耕层土壤的性状也随之发生变化。一般来说，土壤的通透性将向有利于作物根系生长的方向发展。

    病害对免耕作物产量影响不是很严重。免耕土壤通常不易干旱，而许多病（如根腐病，右图）在干旱条件下对作物产量影响显著。

    管理疾病的最好方法是预防。 通常：

• 合理的土壤管理可以改善土壤结构，减低土壤压实，增加土壤通气透水性能，由此减少病害的发生率；
• 处理种子，防止种子腐烂和受潮；
• 合理轮作可以打破病害的发病周期；
• 轮作对免耕下的经济作物抗病更为重要；
• 选择适合当地生长条件的耐病和抗病品种；
• 好的营养管理有助于防病和抗病；
• 精心管理是好收成的保证。